Depuis le décret n°2004-112 relatif à l'organisation de l'action de l'Etat en mer, le préfet maritime, investi du pouvoir de police général, « a autorité dans tous les domaines où s’exerce l’action de l’Etat en mer, notamment en ce qui concerne […] la protection de l’environnement ».
L’arrêté ministériel du 22 mars 2007 fixe la liste des missions en mer incombant à l’Etat, et notamment dans la zone maritime de l’Atlantique. A cette occasion, il est rappelé que le préfet maritime est en charge de la protection de l’environnement, mais aussi de la gestion des espaces protégés, à savoir la gestion des aires marines protégées (AMP).